Şirketlerde elektronik faturalama sistemlerinin uygulanmasına yönelik mevcut zorluklar mutlaka göz önünde bulundurulmalıdır. Elektronik faturanın uygulanmasındaki zorluklar arasında, konuyu ele alan çok çeşitli çalışmalar vardır. Bu engelleri iç ve dış faktörler olarak sınıflandırılabilir. Dahili faktörler, firmanın kendisinden kaynaklanan ve e-fatura sistemini benimseme kabiliyetini engelleyen sorunlarla ilgilidir. Öte yandan, elektronik ortamın benimsenmesinin çekiciliğini engelleyen veya azaltan dış etkenler, örneğin tedarikçiler, müşteriler, özel entegratörler ve mevzuat değişiklikleri gibi dışarıdan kaynaklanır.
Firmaların elektronik fatura sistemine geçişine yönelik iç faktörlerden kaynaklanan engelleri şu şekilde ifade edilebilir:
-Müşterinin e-faturayı kabul etme konusundaki isteksizliği,
-Tedarikçiler ve müşteriler arasındaki faturalandırma kanallarındaki farklılıklar,
-Farklı yazılımlar arasında birlikte çalışabilirlik,
-E-fatura özel entegratörüyle uyum eksikliği,
-Yasal mevzuatı öğrenme zorluğu,
-Bilişim alt yapısındaki eksiklikler,
-E-fatura konusunda eğitimli ve yetkin personel bulmaktaki sorunlar,
-Firma içi prosedür, yönetmelik ve talimatların yetersizliği,
-Firma yönetiminin e-faturanın getireceği tasarruf ve faydaların tam olarak farkında olmaması,
-İşletmeye ek maliyet getireceği inancı,
– Hala eski sistemi sürdürmek istiyorum şeklindeki “istemezük” yaklaşımı
-Ya hata yaparsak korkusu,
Firmaların elektronik fatura sistemine geçişine yönelik dış faktörlerden kaynaklanan engelleri şu şekilde ifade edilebilir:
-Algılanan kullanım zorluğu, adaptasyon sorunları
-İş yeteneklerinin olmaması, firma sektörünün özellikleri,
-Karmaşık uygulama süreci
-Güvenilirlik ve güvenlik konusunda endişeler
-Yasal olarak sisteme geçilmesi gereken tarihin beklenmesi,
Bütün bu engellere karşılık yaklaşık 800.000 firma e-fatura sistemini kullanmaktadır. Bu sayının ileride çok daha artacağını söylemek yanlış olmayacaktır.